ツールを起動し、「ツール」→「アカウント設定」をクリックしてアカウント設定画面を表示します。

アカウント設定画面

アカウント設定画面が表示されたら、
以下の５項目を入力します。

POPサーバ：POPメールサーバを設定します。
ポート：ポートを設定します。既定値は110です。
SSL：SSLを使用するかしないかを設定します。
アカウント：アカウント名を設定します。
パスワード：メール受信のパスワードを設定します。

※フリーメールも使用できますが、フリーメール側でメールソフトで受信できるように設定する必要があります。

Yahoo!メールの場合
Yahoo!メールでメールソフトで受信できるように設定します。
メールソフトで送受信するには
設定したら、ツールで以下のように設定します。
POPサーバ：pop.mail.yahoo.co.jp
ポート：110
SSL：無効
アカウント：Yahoo! JAPAN ID
パスワード：Yahoo! JAPAN IDのパスワード

Gmailの場合
Gmailでメールソフトで受信できるように設定します。
POP を有効にするにはどうすればよいですか
設定したら、ツールで以下のように設定します。
POPサーバ：pop.gmail.com
ポート：995
SSL：有効
アカウント：Gmailのアドレス（○○○@gmail.com）
パスワード：Gmailのパスワード

入力したら、「接続テスト」ボタンを押して接続が成功するか確認します。
※設定したら必ず接続テストを行い、接続が成功するのを確認してください。

接続テストに成功したら、「設定を追加」ボタンを押して設定を確定します。
この操作を繰り返すことで、複数のメールアドレスからメールを受信することができます。

設定が完了したら、「OK」ボタンを押して設定を終了します。

設定したメールアドレスを削除する場合
削除したいメールアドレスを一覧から選択し、
「一覧で選択されている設定を削除」ボタンをクリックして削除します。

メール受信設定

受信メール：全てのメールを受信するか、ドメイン指定して受信するかを設定します。
標準メール表示タブ数：標準メールを一度に表示するメール数です。最大5まで設定可能です。
標準メール表示タブ数：選択認証メール一度に表示するメール数です。最大10まで設定可能です。
受信メールをサーバーから削除：受信したメールをメールボックスから削除するか設定します。
広告表示秒数：広告を表示する間隔です。
定期実行間隔：定期実行を行う間隔です。
選択数値認証を自動化する：選択数値認証を自動化するかどうか選択します。

デフォルトの設定から特に変更する必要はないと思います。
メール表示タブ数のみ環境に合わせて調整してください。
※数が多いと応答なしになって処理が固まる場合があります。スペックにあわせて数を調整してください。